Sophia fait son miel de la génomique

La publication dans la revue "Nature" (26 octobre) de la séquence complète du génome de l'abeille (Apis mellifera) symbolise de façon éloquente la transformation profonde de la biologie contemporaine: à l'instar des autres grands projets de séquençage (dont celui de l'homme en 2003), ce travail représente un effort collectif qui a impliqué plus de 150 chercheurs de 20 pays différents.

La communication à distance et l'échange d'information d'une communauté de biologistes a ainsi permis de mieux appréhender l'organisation sociale d'un insecte modèle de communication et d'industrie ! indique le Dr. René Feyereisen (Centre Agrobiotech de Sophia Antipolis), qui a participé à ce projet. Afin d'exploiter toutes les informations issues de projets de séquençage comme celui de l'abeille, de nouvelles approches conceptuelles et expérimentales sont nécessaires et font l'objet de développements extrêmement actifs dans la région PACA-Est. Ces approches en " -omique " (transcriptomique, protéomique, métabolomique) permettent des études chez tous les êtres vivants, de l'abeille à l'homme. Visant à trouver, interpréter et exploiter l'information inscrite dans les génomes, elles constituent une nouvelle façon d'aborder la biologie baptisée " génomique fonctionnelle ". Ainsi le Dr Pascal Barbry (Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire) et le Dr René Feyereisen ont créé il y a cinq ans une plate-forme " puces à ADN ", afin de développer cette nouvelle discipline. La plate-forme de Sophia Antipolis a fabriqué des milliers de capteurs (les fameuses " puces à ADN ") permettant l'analyse parallélisée de milliers de gènes exprimés chez l'homme et d'autres organismes.

La mise en place de cette structure semi industrielle (certifiée ISO9001 v.2000) dans un contexte académique permet d'offrir aux laboratoires de la région, ainsi qu'à des collaborateurs nationaux et internationaux un outil de recherche de pointe à des coûts acceptables.

Les applications biomédicales de la plate-forme sont importantes, et un partenariat récemment conclu avec le CHU de Nice doit permettre de développer des applications cliniques des puces à ADN pour le diagnostic de certains cancers. La quantité extraordinaire de données générées par les approches de la génomique fonctionnelle rend aussi nécessaire la mise en place de méthodes d'analyses plus performantes.
Des collaborations en cours avec l'INRIA de Sophia Antipolis ont pour but d'analyser les résultats des expériences à l'aide des outils les plus récents du web sémantique et de la modélisation.
Conscients de l'importance que jouera la génomique fonctionnelle dans la biologie du futur, les acteurs académiques et industriels du site se sont mobilisés autour de l'Association Sophia Biotech pour organiser à un rythme trimestriel des " Rencontres Génomiques de Sophia ", au cours desquelles des intervenants extérieurs prestigieux viennent présenter leurs travaux. La prochaine rencontre, qui aura lieu le 19 décembre prochain au CERAM, aura parmi les invités le Pr. Bertrand Jordan, créateur de Marseille-Nice Génopôle®

Contacts :
René Feyereisen
rfeyer@sophia.inra.fr
Directeur, UMR 1112, INRA-Université de Nice-Sophia Antipolis

Pascal Barbry
barbry@ipmc.cnrs.fr
Directeur, Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire